Om ieder jaar een tournee te kunnen organiseren, bestaat ZomerOrkest Nederland uit verschillende overlegorganen. Deze hebben elk hun eigen rol in de realisatie van het project.
De organisatie van de tournee ligt bij de projectgroep, deze commissie is daarom ook het belangrijkste orgaan van ZomerOrkest Nederland: ‘zonder PG geen tournee’. De PG houdt zich bezig met orkestmanagement, concertacquisitie, huisvesting & voeding, PR, communicatie, projectfinanciën en logistieke organisatie.
ZomerOrkest Nederland wordt geleid door het bestuur, bestaand uit het dagelijks bestuur, de artistiek leider en de projectleider. Het bestuur ondersteunt de PG in haar werkzaamheden en is met name verantwoordelijk voor het beleid op de langere termijn.
De artistieke raad is verantwoordelijk voor de uitwerking van de artistieke visie van het ZON. De raad bestaat uit de artistiek leider, orkestchefs, dirigenten en een extern adviseur.